Корневая система вишни располагается в почве неглубоко. По данным многих исследователей, основная масса корней залегает на глубине 40—60 см, а на бедных слабоокультуренных и тяжелых почвах — 20—40 см. У основания корни растут наиболее плотно. Они сильнее разрастаются в ширину. По характеру размещения в почве корни бывают горизонтальные, расположенные почти параллельно к поверхности почвы, и вертикальные, идущие отвесно вглубь почвы. Первые охватывают поверхностные горизонты почвы, где особенно активно идут микробиологические процессы и накапливается много нужных питательных веществ. Вторые подают воду, минеральные элементы из более глубоких горизонтов, а также придают вишневому дереву или кустарнику устойчивость.

Горизонтальные корни у некоторых сортов вишни обладают способностью образовывать многочисленную корневую поросль, которая иногда засоряет сад. Особенности размещения корневой системы вишни в почве необходимо учитывать при проведении агротехнических мероприятий по уходу за почвой в саду, внесении удобрений, удалении поросли и т. п.