Надземная система имеет различные размеры и формы. У деревьев различают штамб и крону, образуемую скелетными сучьями с многочисленными разветвлениями. На стеблевой части имеются почки, листья, цветки, плоды и семена. На побегах вишни образуются два типа боковых почек: ростовые и плодовые. В отличие от семечковых пород почки у вишни простые, т. е. они дают или только ростовые или только цветочные образования. На следующий год после закладки ростовая почка может дать только побег ростового типа или розетку листьев, а плодовая — только цветки и плоды. После созревания плодов в месте плодоношения образуется рубчик, и ветка в этом месте оголяется.

Как исключение, у некоторых сортов вишни бывают и смешанные почки, которые при развитии образуют цветочную кисть, сидящую на коротком побеге с мелкими листочками. Летом в пазухах этих листочков закладываются плодовые или ростовые почки. Из ростовых почек в том же или в следующем году прорастают побеги. Обычно это наблюдается на молодых или сильно растущих деревьях в благоприятных условиях произрастания. В этом случае замедляется оголение веток и значительно повышается урожайность.

От семечковых пород, имеющих концевой характер плодоношения, вишня отличается явно выраженным боковым характером плодоношения — плодовые почки располагаются сбоку по длине побега. Верхушечная почка побега — всегда ростовая.

Особенностью вишни является способность образовывать в пазухе листа помимо одиночных две или три групповые почки. Из двух парных почек одна может быть ростовой, другая — плодовой, обе ростовые или плодовые. У тройных почек могут быть две плодовые (между ними ростовая) или все три плодовые.

Группа почек (обычно 5—7) составляет так называемую букетную веточку, в центре которой расположены одна или две ростовые почки, а остальные почки — плодовые.

В зависимости от размещения ростовых и плодовых почек у вишни различают разные побеги. Ростовые побеги несут на себе только ростовые почки. Обычно это сильные побеги не менее 40—50 см длины, которые образуются у молодых неплодоносящих деревьев. Смешанные побеги имеют и ростовые и плодовые почки, которые размещаются вперемежку. Длина их около 25—40 см. Плодовые побеги несут на себе только плодовые почки, кроме верхушечной. Длина их составляет около 10—15 см. Букетные веточки — очень короткие плодовые побеги, длиной около 1—2 см. Как правило, букетные веточки размещаются на приростах старшего возраста. При их цветении образуется букет цветков. Букетная веточка — многолетнее плодовое образование, при хороших условиях питания она может жить до 5—7 лет.

Вишня плодоносит на приростах прошлого года (плодовые и смешанные побеги) и на букетных веточках, расположенных на двухлетней и многолетней древесине.

По характеру роста и плодоношения различают две биологические группы вишни: кустовидную и древовидную. Они отличаются по продолжительности жизни, урожайности, скороплодности и т. д.